Według tradycji powstanie kościoła łączy się z upamiętnieniem pobytu i modłów św. Wojciecha na tym wzgórzu, gdzieś między 984 a 995 rokiem. Św. Wojciech w czasie pobytu w Opolu miał głosić kazania na wzgórzu poza grodem, nawracać mieszkańców okolicznych sadyb i udzielać chrztu. Legenda głosi, że gdy zabrakło wody do chrztu, św. Wojciech uderzył laską o skałę i wytrysnęło cudowne źródełko, które zostało później ocembrowane i nazwane studnią św. Wojciecha.
Kazania głosił z tak wielką żarliwością, że na kamieniu zostały odciśnięte ślady jego stóp. Interesującym jest fakt, że miejsce głoszenia kazań jest niemal identyczne jak w Gdańsku, a studzienka to nieodłączny atrybut kultu św. Wojciecha. Legenda o kamieniu z odciśniętymi stopami funkcjonuje również w Trzemesznie.
Niemal we wszystkich miejscowościach w Polsce, w których, według tradycji przebywał św. Wojciech, pozostawił po sobie obiekty sakralne ku czci Maryi.
Odchodząc z Opola miał ufundować kościółek pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny... Tak zaczyna się historia Kościoła pod wezwaniem Matki Boskiej Bolesnej i św. Wojciecha w Opolu.
Tradycja głosi, że pierwszy kościół drewniany poświęcony św. Wojciechowi i Najświętszej Maryi Pannie, wzniesiono około 1000 roku. Według przekazów, w 1254 roku powstaje na wzgórzu kościół parafialny. W roku 1295 prawo parafialne przeniesione zostało do kościoła kolegiackiego p.w. Św. Krzyża. Łączy się to prawdopodobnie z fundacją klasztoru dominikańskiego, który z woli Księcia tutaj zostaje osadzony, a konwent uzyskuje kościół na wzgórzu.
Inny przekaz głosi, że kościół dopiero w 1304 roku przekazano dominikanom, którym Bolko I w 1301 roku ufundował drewniany klasztor. Zapewne sprowadzeni bracia otrzymują istniejący kościół w użytkowanie, co łączy się z przeniesieniem prawa parafialnego na kościół kolegiacki.
W połowie XIV wieku wzniesione zostają murowane budynki kościoła i klasztoru. W 1361 roku kościół zostaje poświęcony Najświętszej Maryi Pannie, św. Annie i świętym: Wojciechowi, Jerzemu i Dominikowi. Przed rokiem 1430 w kościele przeprowadzono prace budowlane na tyle istotne, że nastąpiła ponowna konsekracja kościoła. W 1480 roku następuje ponowne poświęcenie kościoła, jednak powód tego nie jest znany. W roku 1530 dominikanie opuszczają Opole.
Inwentarz kościelny przejmuje Magistrat. W 1540 roku protestancki margrabia uzyskuje pozwolenie na korzystanie z kościoła. W roku 1558 kościół nakazem cesarskim zostaje zamknięty. W latach 1566 i 1572 wzmiankowane jest znaczne zaniedbanie kościoła.
W roku 1604 dominikanie ponownie przejmują kościół. W 1614 roku przystąpiono do odbudowy zniszczonego kościoła i klasztoru. Wtedy to wzniesiono nowy szczyt zachodni kościoła „Na Górce”. Pożar w 1615 r. przerywa prowadzone prace, które ostatecznie zakończono w 1617 roku położeniem nowego dachu. Pięć lat później w mieście wybucha kolejny pożar. Od tego czasu odbywano procesje błagalne z kościoła Św. Krzyża do kościoła Matki Bożej na Górce. Tutaj dominikanie odprawiali nabożeństwa o uproszenie Boga, by zachował Opole od takich klęsk.
Najazd Szwedów na miasto w 1634 r. spowodował ogromne zniszczenia kościoła i klasztoru. Z tymi wydarzeniami wiąże się także ukrycie jasnogórskiego obrazu w klasztorze Pauliny (obecnie Mochów) koło Głogówka. Po zakończeniu wojny ze Szwedami, obraz wracał do Częstochowy i w drodze tej, w Wielkim Tygodniu 1656 r., zatrzymał się w Opolu, skąd w uroczystej asyście odwieziono go na Jasną Górę. Potop szwedzki dobitnie zniszczył kościół i klasztor a następne lata przyniosły szereg pożarów. W 1682 wskutek jednego z nich, kościół został znacznie zniszczony, lecz dzięki dotacjom, został odbudowany przez zakonników. Prace trwały od 1701 do 1708 roku. Nastąpiła gruntowna przebudowa kościoła: ponowne zasklepienie jego wnętrz i jego barokizacja. W kolejnym pożarze miasta, w roku 1739 zniszczony zostaje kościół i klasztor. Odbudowany ze składek wiernych ponownie zostaje dotknięty pożarem w roku 1762. Dzięki wysiłkom ówczesnego przeora Jerzego Langa usunięto zniszczenia. Odnowiony kościół przetrwał do 1810 roku.
Po sekularyzacji w 1810r., oszacowano wartość kościoła i w 1811r. oderwano go od klasztoru oraz przekazano pobliskiemu gimnazjum katolickiemu. Zakrystia, która była częścią klasztoru, została oddzielona od kościoła murem. W kościele, w miejsce obrazu Matki Bożej Różańcowej, wstawiono łaskami słynący, obraz Matki Bożej Piekarskiej.
W czasie kampanii napoleońskiej, świątynię zamieniono w magazyn wojskowy a następnie, w szpital. Rektor gimnazjum – Glőger, przeniósł nabożeństwa do kaplicy gimnazjalnej a z kościoła usunięto obraz Matki Bożej Piekarskiej.
W 1820r. kościół na nowo przekazano wspólnocie katolickiej a kuratelę nad świątynią oddano w ręce ostatniego przeora dominikańskiego, o. A. Mondrego.
Pod koniec XIX wieku postanowiono wznieść wieżę przy bocznej kaplicy. Zamiar ten zrealizowano w latach 1895 – 1896. Na górnym piętrze ośmiobocznej barokowej wieży (wysokość 42 metry) umieszczono dzwonnicę.
W 1912 wykonano bezpośrednie dojście z zewnątrz do zakrystii (obecnie jest to kaplica Matki Bożej Częstochowskiej). W 1926r. pokryto na nowo dach kościoła i zniesiono wieżyczkę nad zachodnim szczytem. W latach 1931-38 przeprowadzono ponownie gruntowny remont: wyburzono schody zachodnie i wzniesiono w całkiem innym kształcie nowe. Wtedy, przed wejściem głównym, usunięto stary krzyż misyjny i figurę Jana Nepomucena.
Świątynia uzyskała nowy wygląd. Odnowiono ołtarze, wykonano polichromię i złocenia, usunięto ołtarz główny w stylu romańskim i zastąpiono go nowym, istniejącym do dziś. W płycie ołtarzowej znajdują się relikwie świętych męczenników: Mangusa i Sewery. Nad ołtarzem umieszczono obraz przedstawiający chwałę świętych – Wojciecha i Jerzego. Obraz jest już wzmiankowany w roku 1784.
Od maja 1934r. kościół Maryjny stał się samodzielną jednostką duszpasterską. Parafia Najświętszej Maryi Panny w Opolu, początkowo pozostawała pod kuratelą parafii Św. Krzyża, jednak od 1 stycznia 1940r. została zatwierdzona przez władze państwowe.
Po II wojnie światowej utrzymano parafię przy kościele Maryjnym, która skupiała przede wszystkim repatriantów ze Wschodu przybyłych do Opola. Pierwszym proboszczem powojennym został ks. E. Kobierzycki.
Sama świątynia, wskutek działań wojennych nieco ucierpiała, dlatego trzeba było ją remontować. Wnętrze kościoła odnowiono w roku 1950 i stał się on, w powszechnej opinii, najpiękniejszym kościołem Opola. W 1951r. nowym proboszczem parafii na Górce zostaje ks. K. Borcz. Za jego czasów przebudowano kaplicę Matki Bożej Częstochowskiej, spełniającą wtedy rolę zakrystii i przywrócono jej dawną funkcję.
W 1957 roku parafia złożyła Śluby Jasnogórskie. Główna uroczystość odbyła się 5 maja. W 1965r. przeżyliśmy jako wspólnota bardzo podniosłą uroczystość – nawiedzenie obrazu Matki Bożej Częstochowskiej w Wielkim Tygodniu. Była to już druga peregrynacja.
W roku 1972 proboszczem zostaje ks. Edward Kucharz (1931-2006), który pełni tę posługę do końca swojego życia. Jego nagła śmierć w marcowe popołudnie na schodach wiodących do kościoła na „Górce”, była wstrząsem dla ludzi z śródmieścia, bowiem ks. Kucharz był powszechnie znany. W powojennym Opolu bardzo przysłużył się kościołowi na Górce. Z wykształcenia doktor historii sztuki po Katolickim Uniwersytecie Lubelskim ale również studiował konserwację dzieł sztuki na krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych. Był zatem teologiem, historykiem sztuki jak i wielkim miłośnikiem zabytków oraz ich konserwatorem. Świątynię na „Górce” traktował jak dom rodzinny, walczył o jej przetrwanie w czasach, kiedy poważne pęknięcie skarpy na opolskim wzgórzu groziło kościołowi zawaleniem. Zdarzały się sytuacje, że podczas nabożeństw, na głowy wiernych sypał się tynk. Nie wolno było używać dzwonu na kościelnej wieży w obawie, by drgania wywołane akustyczną falą nie przyśpieszyły procesu pękania murów.
Od 2006 r. proboszczem parafii jest ks. Marek Trzeciak. W latach 1985-1988 oraz 1995-2005 poświęcił się służbie misyjnej, niosąc Dobrą Nowinę mieszkańcom peruwiańskich Andów. Po powrocie został przydzielony do parafii Matki Boskiej Bolesnej i św. Wojciecha na statusie rezydenta. Wkrótce, po śmierci ks. E. Kucharza, został mianowany Ojcem parafii. Ciepło przyjęty przez parafian rozpoczął pracę duszpasterską ale również podjął starania by wyremontować kościół, który od początku z dumą nazywa „opolską perełką”.
W latach 2007 – 2010 odnowiona została wieża i część elewacji: wschodnia i północna. Koszt tych prac został pokryty z ofiar parafian (kolekty na remont kościoła, cegiełki), sponsorów oraz dotacji Urzędu Marszałkowskiego i Urzędu Miasta Opole. Dalszy remont, ze względu na koszty, stanął pod znakiem zapytania.
Z pomocą przyszedł Program Rewitalizacji Miasta. Jako jeden z najważniejszych zabytków w Opolu, kościół mógł się wpisać w realizację tego programu. Opracowany program okazał się najlepszy i uzyskał dotację w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa. Po blisko rocznym okresie przygotowań formalnych, w czerwcu 2011 roku rusza drugi etap remontu, który obejmuje: remont dachu, dokończenie remontu elewacji, remont organów i zmianę ogrzewania w kościele. Od listopada można podziwiać nowy dach. Remont organów rozpoczął się 30 listopada 2011r. „Opolska Perełka” pięknieje nie tylko na zewnątrz.
22 października 2011 roku w kościele została odprawiona uroczysta Msza Święta z Intronizacją Relikwii bł. Jana Pawła II. Mszy Św. przewodniczył i kazanie wygłosił ks. bp Jan Kopiec.
Trzeciego grudnia ks. proboszcz Marek Trzeciak poświęcił miejsce stałej ekspozycji relikwii przy kaplicy Matki Bożej. Jest to klęcznik, u którego na pulpicie, pod szybą zostały umieszczone relikwie. Nad klęcznikiem zawisł podświetlony obraz bł. Jana Pawła II. Od teraz, o każdej porze dnia, można oddać cześć Ojcu Świętemu.
23 kwietnia 2013, w dzień świętego Wojciecha, na uroczystej Sumie odpustowej, której przewodniczył ks. biskup Andrzej Czaja, został oficjalnie zakończony remont naszego Kościoła. Mszą Świętą, nasza wspólnota parafialna podziękowała Bogu i ludziom za pomyślne zakończenie remontu. Ksiądz biskup poświęcił odnowione organy a my, mogliśmy je usłyszeć w pełnym brzmieniu na Koncercie, w dniu 28 kwietnia, w którym wystąpił pan prof. Krzysztof Latała oraz chór parafialny ExultateDeo, pod dyrekcją pana Tomasza Krzemińskiego.
Piątego i szóstego marca 2015 roku w ramach wizytacji kanonicznej, gościliśmy w naszej Parafii ks. biskupa Andrzeja Czaję. Jesienią 2016 roku rozpoczął się remont schodów. Zakończenie planowane jest na wiosnę 2017.
25 marca 2017 rozpoczęła się w naszym kościele Dominikańska Szkoła Wiary: cykl wykładów na tematy teologiczne, etyczne, filozoficzne, życia społecznego. Organizatorem DSW jest działająca przy Parafii Matki Boskiej Bolesnej i Św. Wojciecha grupa świeckich Dominikanów i wolontariuszy oraz ks. proboszcz Marek Trzeciak. Pierwszy wykład pt. „Przekazywać owoce kontemplacji – źródła tożsamości dominikańskiej” wygłosił o. Marek Miławicki OP – teolog i historyk, członek Dominikańskiego Instytutu historycznego w Krakowie, który zajmuje się nowożytną i współczesną historią Zakonu Dominikańskiego.
Ze względów zdrowotnych, po przeszło trzynastu latach, ks. Marek Trzeciak poprosił księdza biskupa Andrzeja Czaję o odwołanie z urzędu proboszcza Parafii Matki Boskiej Bolesnej i św. Wojciecha w Opolu. Ksiądz biskup przyjął rezygnację i mianował ks. Marka rezydentem w Parafii Matki Bożej Wspomożenia Wiernych w Kluczborku.
Nowym proboszczem Biskup Opolski mianował ks. Bogusława Króla, dotychczasowego wikariusza w Parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa w Kluczborku. Zmiana weszła w życie z dniem 28 sierpnia 2019. Msza Święta pożegnalna ks. Marka odbyła się 25 sierpnia o godzinie 10.30.